测序原始数据下机后，是带有接头的数据，我们可以通过fastqc查看测序原始数据的质量

#fastqc质控
fastqc WF2-2_R1.fq.gz
fastqc WF2-2_R2.fq.gz

会分别输出R1和R1的质控html文件

质控合格后，我们用fastp去除低质量的接头

#fastq进行过滤，-i和-I分别是测序数据的两端数据，-o和-O分别是过滤后的测序数据
fastp -i WF2-2_R1.fq.gz -I WF2-2_R2.fq.gz -o WF2-2.R1.fq.ft.gz -O WF2-2.R2.fq.ft.gz

拿到去除低质量接头的测序数据后，我们通过hisat2将其转换成sam文件，再用samtools转换成bam文件

#第一步，建立索引，输入文件为参考基因组的序列文件，输出为索引文件
hisat2-build 02-12.genome.fa 02-12.index
#将测序数据比对成sam文件
hisat2 -x 02-12.index -1 WF2-2.R1.fq.ft.gz -2 WF2-2.R2.fq.ft.gz -S WF2-2.sam
#将sam文件转换成bam文件
samtools view -bS WF2-2.sam > WF2-2.out.bam
#对bam文件进行排序
samtools sort WF2-2.out.bam -o WF2-2.out.sorted.bam
#去除PCR重复
samtools rmdup -S WF2-2.out.sorted.bam WF2-2.out.sorted.rmdup.bam
#获得bam文件的索引bai文件
samtools index WF2-2.out.sorted.rmdup.bam