blast

下载ncbi的linux安装包：Index of /blast/executables/blast+/LATEST

通过filezilla将其导入linux环境。

解压及安装：Linux下BLAST的安装与使用 · 大专栏

使用：需要先建库

makeblastdb -in 基因组数据库.pep.fa -dbtype prot -parse_seqids

再进行blastp：

blastp -query 目标序列.txt -out 输出文件.pep.fa -db 数据库.pep.fa -outfmt 6 -evalue 1e-100 -num_threads 4

hmmer

hmmer从官网下载最新版：HMMER

通过filezilla上传到linux系统中。

用mv命令将其放置在固定位置，我一般是~/app

gz文件用gunzip解压，tar文件用tar -xf 命令解压

cd hmmer-3.3.2

./configure

make

make check

完成安装

接下来需要修改调用命令，使得在任何地方都能调用hmmer软件。

笔者使用的是集群服务器，没有root权限，因此修改.bash_profile文件

vim .bash_profile 

加上刚刚安装的软件路径即可：

PATH=$PATH:HOME/app/hmmer

hmmer的使用

hmmbuild A.hmm genefamily_seed.txt     #以某个基因家族的种子文件作为索引，获得hmm文件
hmmsearch --domtblout A.out A.hmm genome_pep.fa   #在某个物种中，上一步获取得到的hmm文件为索引，搜寻基因家族成员，以A.out的结果输出

种子文件在pfam中下载

得到的stockholm文件即为种子文件。

最近Pfam合并到interpro中了，那么怎么找我们想要的结构域的种子文件呢？

打开Interpro

点击search–by text，然后输入结构域的pfam号（PF开头的结构域号）：

点击curation，就可以下载.hmm文件啦