基因家族分析③:Batch-CD-Search
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将linux下使用hmmsearch得到的out文件,用excel打开,得到其蛋白序列:

用TBTOOLS,根据序列ID,提取这些序列:

如此,我们便能初步得到目的基因家族的序列

接下来进行结构域分析

打开NCBI——CDD——batch—CD—search

输入刚刚提取得到的蛋白序列,点击Browse result,全选序列

再点击show selected queries,查看蛋白结构域

将不含有目的基因家族结构域的蛋白删除,最后得到的蛋白序列即为该基因家族的序列。

wuyuankang

评论

  1. yuanj
    Windows Chrome
    3 月前
    2024-5-05 16:30:11

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Source: github.com/k4yt3x/flowerhd
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