顺式作用元件是位于基因启动子上的，可能影响基因表达的序列。因此，我们需要对基因的启动子进行分析

提取基因CDS以及CDS前2000bp序列

打开TBtools的Gtf/Gff3 Sequences Extract功能，输入基因组的gff3文件和基因组文件，并且设置输出文件

然后提取目标基因的启动子序列，打开 TBtools 的 Fasta Extract or Filter，设置好序列文件、输出文件、基因 ID，点击 start 开始

打开TBtools的Sequence Manipulate (Rev&comp)功能，输入刚刚得到的序列，将其全部转成大写

打开plantcare，输入刚刚大写后的文件，进行启动子预测

解压得到的plantcare分析文件，把结果放在excel中

接下来我们需要对plantcare结果进行优化，不然TBtools会报错

首先，以第二列进行排序筛选，把没有motif的所有行都删除，其次，搜索TATA-box，CAAT-box，unmaned，分别把含有这三种motif的项删除；其次，以最后一列进行排序筛选，把没有注释的所有行也删除；这样，我们就完成了对plantcare结果的初筛，然后，只留下基因ID、起始位置、终止位置和motif功能这四列，其他的列都删除；最后，起始位置-20bp，终止位置+20bp，生成新的起始位置和终止位置。得到的新的基因ID、起始位置、终止位置和motif功能这四列，即可用于绘图。