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2018年9月3日,中国农业科学院蔬菜花卉研究所甘蓝青花菜研究团队在基因定位的经典期刊Theoretical and Applied Genetics(2023IF=5.4,Q1)上发表了题为“Fine mapping and candidate gene identification of the genic male‑sterile gene ms3 in cabbage 51S”的研究论文。论文第一作者是韩风庆博士和袁凯文博士,通讯作者是方智远院士和吕红豪研究员。
甘蓝51S是一个自然雄性不育突变体。表型研究表明,花药细胞分化存在缺陷,在四分体阶段之前,小孢子母细胞未能形成绒毡层,完全败育。遗传分析表明,该雄性不育系由1对隐性基因ms3控制。使用F2群体,我们将MS3定位到187.4 kb的区间。BoTPD1被确定为该区间的候选基因。序列分析显示,内含子182个碱基插入在51S,中断了第三内含子5‘剪接点的保守基序,可能导致转录本被截断。对BoTPD1同源蛋白的分析表明,在生殖发育过程中,BoTPD1在进化上保守地决定了花药细胞的命运。RT-PCR结果表明,BoTPD1在除根外的各种组织中均有表达,且在花药和花蕾中表达水平较高。BoTPD1是一种基于182bp插入片段的特异标记,与雄性不育共分离,可用于标记辅助选择。
点评:很经典的定位文章,表型分析(细胞学分析)、遗传分析,基因定位,候选基因序列差异分析,候选基因表达差异分析,根据序列差异开发indel标记。值得关注的是,这个时候并未拿到转基因材料,也能发TAG。