2017年3月14日，中国农业科学院蔬菜花卉研究所甘蓝青花菜研究团队在期刊BMC Genomics（2023IF=4.4，Q1）上发表了题为“Genetics and fine mapping of a purple leaf gene, BoPr, in ornamental kale (Brassica oleracea L. var. acephala)”的研究论文。论文第一作者是刘小萍硕士（现已博士毕业），通讯作者是张扬勇研究员。

羽衣甘蓝(Brassica oleracea L.var.)叶斑驳、色彩斑斓，是一种很受欢迎的观赏植物。在本研究中，作者利用回交群体和来自两个亲本W1827(白叶)和P1835(紫叶)的F2群体对一个候选紫叶基因进行了精细定位和分析。

遗传分析表明，紫叶性状受一对显性基因控制，作者将其命名为BoPr。根据参考基因组‘02-12’开发的标记，将BoPr基因初步定位在染色体C09的280 kb区间，侧翼标记M17和BoID4714的遗传距离分别为4.3 cM和1.5 cM。在这个区间内的重组率几乎是通常水平的12倍，这可能是由于参考基因组‘02-12’在这个区间的组装错误造成的。根据甘蓝属另一参考基因组‘TO1000’设计了引物。在新设计的Indel标记中，BRID485和BRID490与BoPr的遗传距离最近，分别位于基因两侧0.1cM和0.2cM处；两个marker之间的物理距离为44.8 Kb。其中只有Bo9g058630与二氢黄酮醇还原酶AT5G42800高度同源，被确定为BoPr的候选基因。BLAST分析表明，这段44.8kb的片段位于‘02-12’的非锚定支架(Scaffold000035_P2)上，证实了参考基因组‘02-12’在M17和BoID4714之间存在组装错误。

Fig. 2 a Preliminary mapping of BoPr, units: cM. b Fine mapping of BoPr, units: cM. c Fine mapping using the BC1P1 population with 2034 plants. The BoPr gene was delimited to an interval between BRID485 and BRID490, with an estimated length of 44.8 kb, seven genes were annotated between markers BRID485 and BRID490 based on the reference genome sequence. The genetic structure for each recombinant type is depicted as white for homozygous white leaf alleles, black rectangles for heterozygous alleles, respectively. The relative positions of markers on C09 were determined according to the TO1000 genome sequence

点评：经典的遗传定位文章，做到了精细定位和候选基因差异分析就没往下做了。