2023年8月3日,中国农业科学院蔬菜花卉研究所甘蓝青花菜研究团队在期刊journal of fungi(2023IF=4.7)上发表了题为A Whole-Genome Assembly for Hyaloperonospora parasitica, A Pathogen Causing Downy Mildew in Cabbage (Brassica oleracea var. capitata L.)的研究论文,论文第一作者为吴元康博士和张斌博士,通讯作者为韩风庆博士和张扬勇研究员。
该作者通过多代人工接种分离纯化甘蓝霜霉菌,完成了甘蓝霜霉菌的全基因组测序组装,并对预测到的基因进行了GO、KEGG和KOG功能注释。通过信号肽预测、Pfam功能注释、CAZys基因预测、PHIs预测和效应子分析,获得了一系列和霜霉菌致病能力有关的基因,后续分析将会聚焦于这些基因。和其他20个完成测序的真菌病害基因组聚类分析表明,H.parasitica和导致拟南芥霜霉病的H. arabidopsidis在进化上最晚发生分歧。作者首次完成甘蓝霜霉菌的基因组测序组装预测分析,为后续甘蓝霜霉病抗病育种和抗病分子机制奠定了基础。
Figure 1. GO annotation of the genome of H. parasitica strain BJ2020.
Figure 2. KEGG pathway annotation of the genome of H. parasitica strain BJ2020.
Figure 3. KOG annotation of the genome of H. parasitica strain BJ2020.
Figure 4. Summary of pathogenicity-related gene annotations. (A) PFAMs, (B) CAZys, (C) PHIs, and
(D) putative secreted proteins
Figure 5. Comparative genomic analysis with 20 downy mildew-causing pathogens.