2018年9月27日,中国农业科学院蔬菜花卉研究所甘蓝青花菜研究团队在期刊 International journal of molecular sciences(2023IF=5.6,Q1)上发表了题为“Differentially Expressed Genes Associated with the Cabbage Yellow-Green-Leaf Mutant in the ygl-1 Mapping Interval with Recombination Suppression”的研究论文。论文第一作者是刘小萍硕士(现博士毕业)和于海龙硕士(现博士毕业),通讯作者是张扬勇研究员。
虽然甘蓝黄绿叶突变体YL-1的遗传和初步定位已经有一定研究结果,但尚未发现与YL-1黄绿叶突变体相关的转录组图谱。对两个群体的定位结果表明,黄绿叶基因YGL-1位于重组抑制区。然后,应用批量分离RNA-seq(bulk segregant RNA-seq,BSR)方法,利用F3群体(YL-1×11-192)和BC2群体(YL-1×01-20)筛选差异表达基因(DEG)。在37,286个独特基因中,在F3和BC2群体的黄叶池和正常叶池之间分别检测到5730和4118个基因。四个池的BSR分析大大减少了常见DEG的数量,从4924个减少到1112个。在YGL-1基因重组受抑作图区域,共鉴定出43个共同的deg。其中5个与叶绿体相关,包括下调的Bo1g087310、Bo1g094360和Bo1g098630以及上调的Bo1g059170和Bo1g098440。QRT-PCR排除Bo1g098440和Bo1g098630基因。因此,作者推测作图区间中的这三个deg(Bo1g094360、Bo1g087310和Bo1g059170)可能与黄绿叶突变表型的形成密切相关。
Figure 1. The physical distances of 24 InDel markers in the two reference genomes (02-12 and TO1000)