转录组数据(SRA)上传NCBI流程
本文最后更新于91 天前,其中的信息可能已经过时,如有错误请发送邮件到wuyk@163.com

首先,登陆自己的NCBI账号,我这里是微软账号,你们也可以用其他的账号,都是一样的。

然后,点击submit

然后点击SRA

会跳出一个SRA tools,点击

然后点击submit

点击new submission

填写完自己的基础信息后,点击continue

这里,我之前没有提交这个数据的BioProject,所以两个都选择NO,下面这个释放日期我选择立刻释放,选择完毕后,点击continue

在这个页面填写测序数据的信息和描述,填写完信息之后,点击continue

下一步是选择样品类型,我的样本的甘蓝叶片,因此我输入甘蓝Brassica oleracea就有甘蓝物种的拉丁名,然后下面选择植物,点击continue。

下一步是天下Biosample的信息,我们选择下载excel表,填写好后再上传

下载下来的excel表是这样的,绿色的必填的,其他颜色的选填,填写完后,要在最后一列自己添加一个重复行,保证每行都不一样,直接写replicate = biosample replicate 1,然后下拉即可,上传,点击continue。

下一步,填写metadata数据,同样的,我们下载excel表

表黄色的列是必须填写的,RNA-seq数据按照如图所示填写即可。

上传后,点击continue

上传方式点击NCBI自带的Aspera Command,

然后,下载安装NCBI的上传软件:Aspera connect,然后下载key file

打开电脑的命令提示符,在搜索端输入cmd即可:

然后,在cmd下先进入Aspera connect的软件安装位置下的bin文件,比如我的是(cd是进入文件夹的意思):

cd C:\Users\Administrator\AppData\Local\Programs\IBM\Aspera Connect\bin

然后输入以下代码:

这段代码中,第一个标明绿色的需要修改成你刚刚下载的key file的位置,并且加上key file的文件名,第二个标绿色的地方需要修改成你想上传的文件夹。比如我的是这样的

ascp -i C:\Users\Administrator\Downloads\aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d F:
ascp -i C:\Users\Administrator\Downloads\aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d F:\0测序数据和组学数据\2022霜霉病转录组初始数据\有参RNA-seq\GDRL22030423_std_1\0-4d subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/wuyk1129_163.com_2MUOBLEn
测序数据和组学数据22霜霉病转录组初始数据\有参RNA-seq\GDRL22030423_std_1
ascp -i C:\Users\Administrator\Downloads\aspera.openssh -QT -l100m -k1 -d F:\0测序数据和组学数据\2022霜霉病转录组初始数据\有参RNA-seq\GDRL22030423_std_1\0-4d subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/wuyk1129_163.com_2MUOBLEn
-4d subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/wuyk1129_163.com_2MUOBLEn

其他地方不用修改,输入命令之后,按enter键运行,等待上传完成即可

这样就上传完了:

继续点击continue

等待NCBI信息同步:

wuyuankang
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Source: github.com/k4yt3x/flowerhd
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