fastqc的使用也需要服务器中已经安装了java环境

#查看是否安装java
java --version

如果服务器中没安装java，请移步linux下java环境的安装，安装了java后，我们继续安装fastqc

fastqc官网：https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

#linux下下载fastqc的安装包
wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.9.zip
#解压
unzip fastqc_v0.11.9.zip
#给FastQC可执行文件添加执行权限：
cd FastQC/
chmod +x fastqc

接下来的配置系统环境变量，使得在任何位置都能使用fastqc

输入pwd，记录下fastqc的安装目录

#回到主目录
cd
#打开系统环境变量文件
vim .bashrc
#在合适的地方输入，fastqc的安装位置自己改
export PATH=/home/wuyk/biosoft/FastQC:$PATH
#保存并退出vim编辑器，回到终端刷新系统环境变量
source .bashrc
#验证是否安装成功
fastqc --version
#如果没有报错，那就说明fastqc安装成功啦