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打开NCBI,输入从文献中查找到的SRA数据编号,进行搜索:
选中需要下载的SRA数据,下载其XML格式:
打开TBtools的SRA XML to Table功能,输入刚刚下载的XML文件,将其转换成.xls文件:
打开转换好的.xls文件,找到DDBJ_Potential_SRR_Links这一列,这一列下的链接可直接用迅雷打开下载
下载好的文件是.sra格式,我们需要将其转换成.fastq.gz文件。下载NCBI的SRA Toolkit,直接解压,设置工作路径即可使用。
在linux中,用如下命令行将.sra文件转换成.fastq.gz文件
fastq-dump --gzip --split-files *.sra